Das Universitätsarchiv wurde als zentrale Einrichtung zwar erst 1991 eingerichtet, doch kann es schon auf eine mehrhundertjährige Geschichte zurückblicken. Erstmals erwähnt wurde es schon 1462. Im Jahr 1899 wurden die Archivalien einer Archivkommission aus Ordinarien übergeben. In dieser Zeit wurden die Altbestände nach dem in Baden üblichen Pertinenzprinzip aufgestellt. Nach dem Universitätsjubiläum 1957 ließ das Interesse am Archiv nach, die Betreuung übernahm ein Senatsbeauftragter im Nebenamt, schließlich der Bibliotheksdirektor. Mit dem Landesarchivgesetz wurde 1991 ein Archiv nach fachlichen Gesichtspunkten eingerichtet.