Nach der Schulzeit in Dessau nahm Krüger 1889 das Studium der Klassischen Philologie in Göttingen auf, wandte sich aber mit dem Wechsel nach Straßburg zunehmend der Klassischen Archäologie zu. In Bonn widmete er sich anschließend den gesamten Altertumswissenschaften. Die Promotion erfolgte 1895 mit einer lateinischen Studie über das letzte Lebensjahr Caesars. Im gleichen Jahr legte er auch das Philologische Staatsexamen ab, das ihm den Beruf des Gymnasiallehrers öffnete, dem er sich als Hilfslehrer in vorübergehenden Anstellungen in Köln, Bonn und Neuwied widmete.
Doch galt sein wirkliches Interesse der Archäologie der Alten Welt, was sich an seinem Einsatz als freiwilliger Hilfsarbeiter bei der Trierer Kanalisationsgrabung und danach als wissenschaftlicher Hilfsarbeiter am Altertumsmuseum in Wiesbaden zeigte. So war er hinreichend qualifiziert, um 1905/06 die stellvertretende Leitung des Provinzialmuseums Trier für den erkrankten Direktor Hans Graeven wahrzunehmen, eine Aufgabe, die er anschließend bis 1936 innehatte. Mit der Stellung des Museumsdirektors war auch das Ausgrabungswesen im Bezirk verbunden, das Krüger als Staatlichem Vertrauensmann für Kulturgeschichtliche Bodenaltertümer entsprechend dem preußischen Ausgrabungsgesetz von 1914 oblag.
Aus der über 30-jährigen Amtszeit Krügers sind an besonderen Ereignissen hervorzuheben: die Erweiterung des Museumsgebäudes (1906); die Abformung der Igeler Säule nach dem Plan von Hans Graeven (1908) und Publikation des Denkmals mit Hans Dragendorff (1924); die Ausgrabung der Kaiserthermen (1912-1922) und Publikation durch Daniel Krencker (1929); die Bearbeitung der Archäologischen Karte seit 1920 durch Josef Steinhausen und ihre Publikation als Orts- und Siedlungskunde (1932 und 1936); der Bibliotheksaufbau durch Johann Baptist Keune (1923-1937); die Gründung der „Kommission zur Erforschung der Römischen Kaiserresidenz und Frühchristlichen Bischofsstadt Trier“ (Archäologische Trier-Kommission, 1926); die Ausgrabung des Tempelbezirks im Trierer Altbachtal unter der Leitung von Siegfried Loeschcke mit Beteiligung von Erich Gose und Ludwig Hussong (1924-32); die Bearbeitung (1922/23) und Publikation (1932) der Neumagener Grabmäler durch Wilhelm von Massow und nicht zuletzt die Errichtung des Verwaltungsgebäudes als neuer Flügel des Museumsbaus (1926).
Auch wenn Krüger – anders als sein Vorgänger Felix Hettner – kein genialer Altertumsforscher war, so besaß er doch die seltene Gabe, für die unterschiedlichsten Forschungsaufgaben des Trierer Museums jeweils besonders geeignete Mitarbeiter zu gewinnen, was sich im Ergebnis an den in seiner Amtszeit herausgegebenen Monographien erkennen lässt. Diese Feststellung darf trotz der großen Publikationsrückstände der Trierer Ausgrabungen in seiner Amtszeit ihre Geltung beanspruchen.
Als vorbildlich darf Krügers Sorge für das regelmäßige Berichtswesen über die Ausgrabungen, Funde und Forschungen des Museums gelten. Er war Mitherausgeber mehrerer wissenschaftlicher Zeitschriften: insbesondere der Westdeutschen Zeitschrift für Geschichte und Kunst (1906-1907), des Römisch-Germanischen Korrespondenzblatts (1908-1916), der Trierer Jahresberichte (1908-1922) und der Trierer Zeitschrift (1926-1935), in denen zugleich eine Fülle von Aufsätzen Krügers vor allem zur römischen Altertumskunde des Trierer Landes erschienen.